随着新冠疫情在国内的散发传播,我国始终坚持“动态清零”政策,并取得一定成效。近日,中国疾病预防控制中心(CDC)通过GISAID分享了从20个省收集的-01-01至-03-30期间出现的SARS-CoV-2基因组序列。
系统进化分析法表明在此期间中国新出现的COVID-19基因组序列,至少有32种来自境外输入。但这些变异毒株并没有引起广泛的本地传播,这也反映了中国为了阻断境外输入疫情传播渠道采取的一系列举措的有效性。
在此次共享的COVID-19基因组序列中,-01-01至-03-30我出现的COVID-19基因组序列具体情况如下:
共出现6种Delta变异株基因组,分别来自4个不同的谱系。共出现44种Omicron变异株基因组,分别来自7个不同的谱系。没有发现高度不同的新变种。GISAID——全球最大的流感及新冠病毒数据平台
年建立的GISAID是全球最大的流感及新型冠状病毒数据平台。国务院新闻办公室年6月7日发布《抗击新冠肺炎疫情的中国行动》白皮书中提到:中国疾控中心、中国医学科学院、中国科学院武汉病毒研究所作为国家卫生健康委指定机构,向世界卫生组织提交新型冠状病毒基因组序列信息,在全球流感共享数据库(GISAID)发布,全球共享。
GISAID已收集万组SARS-CoV-2基因序列
作为一个流行的线上数据分享平台,GISAID汇聚了全球诸多科研团队COVID-19溯源努力。最新消息是,该平台已收集到了来自全球个国家和地区、超过万组的SARS-CoV-2基因序列。
GISAID科学顾问、来自新加坡的SebastianMaurer-Stroh表示:根据世界各地提交的最新数据,我们可以构建出一套追溯新冠病毒如何在全球范围内传播的监测系统,以了解相关防疫措施和疫苗是否仍然有效。
在EpiCoV数据库中的万个基因组中用AudacityInstant搜索50个新的SARS-CoV-2基因组序列,发现总共有个密切相关的基因组。
下图显示了与50个新的COVID-19基因组序列存在相关基因组的国家分布,其中深蓝色条对应于来自国外的相同序列和可能的传输链路:
构建系统发育树
系统发育分析中,最重要和最常见的内容为构建系统发育树。系统发育树以树状结构表示各个节点的进化关系,枝点可以是物种、同一物种的样本、基因等单元。系统发育树中的分支反映了物种是如何从一系列共同祖先进化而来的。
此次中疾控工作人员收集了来自中国的最新共享COVID-19基因组序列后,对其进行了完整的系统发育分析,并最终用可视化的形式展示了COVID-19基因组序列境外引入的模式和在同一棵系统发育树中COVID-19变异株的详细血统。
最新变种出现,还应密切
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